透射电子显微镜的长处
光学镜和透射电子显微镜用薄片的样品。 的是，它比光学显微镜更大程度的扩大标本。 扩大10000倍或以上是或许的，这使科学家能够看到非常小的结构。 对于生物学家，如线粒体和细胞器，细胞，内部运作都清晰可见。 透射电镜标本的晶体结构供给了出色的分辨率，乃至能够显现样本内的原子排列。
透射电子显微镜需要在一个真空室，标本。 因为这一要求，在显微镜能够用来观察活标本，如原生动物，。 一些微妙的样品也或许被损坏的电子束，有必要先用化学染色或涂层来维护他们。 这种医治有时会损坏试样。
高分辩率 扫描电镜二次电子像的分辩率可达到3nm，超高分辩扫描电镜二次电子像的分辩率则高达1nm，比起光学显微镜的极限分辩率200nm要高两个数量级。
景深大 在扩大倍数为100倍时，光学显微镜的景深为1μm，而扫描电镜可到达1mm。随着扩大倍数的增大，景深会减短。但即便扩大倍数到达4万倍时，扫描电镜还可有1μm左右的景深。
